東京シューレは主に「フリースクール東京シューレ」「東京シューレ葛飾中学校」「ホームシューレ」「シューレ大学」の4つの活動と、「親・保護者に向けた相談支援活動」そして「理解拡大・社会発信への活動」を行っています。
現在、フリースクール東京シューレは王子・新宿・流山(千葉県)の3か所のスペースがあり、不登校の子どもたちを中心に、小学校1年生から20歳まで(入会は18歳まで)の子ども・若者約150人が通ってきています。子ども中心の活動を展開しています。
こうした20余年のフリースクールの活動を公教育として位置づけようと生み出されたのが、東京シューレ葛飾中学校です。学校に行きづらさを感じている子どもたちと共に「学校っぽくない中学校」をつくり始めています。私立学校法に基づく私立中学校で、NPO法人東京シューレが母体に生み出した学校法人東京シューレ学園が運営しています。
家庭をベースにして育っている子どもたち、その家族に向けたサポートと、お互いを結ぶネットワーキングの活動が「ホームシューレ」です。交流誌やインターネットを中心に全国約250家庭がつながりあい、直接の交流の機会も持っています。
探究・研究テーマや方法も自分のやり方で、第一線で活躍の方々をアドバイザイーに迎え、探究、表現活動を行っています。公開講座なども定期的に行っています。