一般に、子ども主体・子ども中心の教育を行い、教育内容を自由に創り出す学校を指して言うことが多いです。政府・行政が設置した学校（レギュラースクール）に対して、民間の手でつくった学校を指して言う場合もあります。イギリスのニイルによるサマーヒルスクールが有名ですが、欧米を中心に数多くあります。
日本でも「フリースクール」を掲げるところが多くありますが、「不登校の子どもの行くところ（学校、施設、塾）」というイメージで語られることも多くあります。もとは、日本の不登校（登校拒否）の増加を背景に、シューレのように子ども中心に創った居場所を「フリースクール」と呼ぶようになりました（フリースペースと称しているところもあります）。ここから、「不登校の子どもの行く所＝フリースクール」という発想も生まれてきました。「不登校の子どもがいるから」という理由のみで、フリースクールを掲げているところもあります。概念が混乱している状況がみられます。
このため、「不登校の子どもの通う場所」という意味で学校復帰や生活矯正などを目的とする場所を「フリースクール」と呼ばれてしまう傾向もあります。
現在、日本の子ども中心の考え方でやっているフリースクール・フリースペースがつながって「フリースクール全国ネットワーク」を結成しています。また、世界的にも毎年「世界フリースクール大会（ＩＤＥＣ）」が開催され、東京シューレも参加しています。２０００年には、東京シューレが中心となり日本大会を開きました。
フリースクールとしての東京シューレの活動について、くわしくはフリースクール東京シューレのページ をごらん下さい。
２００７年には、フリースクールのやり方を生かして、日本でも公教育の枠組みの中で「東京シューレ葛飾中学校」をスタートしました。
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